在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

分析数据

1、从光敏教育培养细胞膜中截取DNA交连胆固醇质

为拆分光热塑血清质-DNA复合型物采用LC-MS深入探讨，写作者开拓了了种转化纯化设计，可从DNA中我们要除了热塑血清质，仅在作用时可以借助随便基因遗传组接触到丰度DNA热塑血清质。用TRIZOL导出染料质并我们要除执行死刑获的非热塑血清，随后将其从新溶解度以实现RNase助消化不好。可以借助超声清洗复制粘贴所得额血清质热塑DNA的导出物，在硫氰酸胍中烧沸转化，并在二钝化硅离心分离柱上的剧烈洗涤剂以我们要除了热塑血清质一直到结束。可以借助核酸酶治理 从DNA中发挥光热塑血清，并实现胰血清酶助消化不好采用LC-MS深入探讨。该的方式起名为血清质热塑DNA导出或XDNAX。

图1.蛋清质交连DNA分离出来或XDNAX注意事项图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可可以直接了解DNA的血清质图谱

将光交连方式 使用于MCF7内部，发觉了1,805种侯选球血清酶，各举1,191种留存于3个或越来越多次抄袭中。60%的DNA充分角色组帶有核酸通过起来的GO标注，在欠缺核酸通过起来标注的球血清酶质中，主要的贡献奖出自核纤层球血清酶，前者是参于着色质安排和内部分裂主义的球血清酶质（图2）。

图2 . 可简单沾染 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了了DNA彼此意义组所暗含的球血清质含量-DNA表层举例蕴含的核苷酸化学交联肽。这有在（1）球状DNA组合格局域、（2）DNA 组合周期性区（IDR）和（3）在与另外球血清质含量（举列组球血清组合球血清）、RNA（举列剪接分子）或相分开区室（举列核仁球血清）彼此意义而使得的区域环境快要。

图3 . 可随时接处 DNA的结构设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法组织扰动阶段与DNA配合的转录成分

雌生长生长雄激素感觉α（ESR1）驻留下胞质溶胶中，陪你到撞见其配体，启用易位到受损肿瘤细胞膜结构，在在那它与人类基因组中的既定空间相结合以解锁既定的转录方式。将血清饥饿的MCF7受损肿瘤细胞膜爆出于高分子量雌生长生长雄激素（10 nM 17β-雌二醇）4五多分钟，与虚拟处置的较受损肿瘤细胞膜特别我们的DNA彼此反应组（图4A）。其中的，雌生长生长雄激素激发后DNA彼此反应组中的ESR1加大了30倍（图4B）。总的认为，在1,814个定量分析的蛋清酶质-DNA彼此反应中，约有9%屏幕上显示出小于2倍的相关性转变，并观测到与ESR1具有着彼此反应的蛋清酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌生长激素除理甲状腺癌上皮细胞 DNA 之间能力组的一定量较好（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

探索进去DNA组的血清质以熟知 它是怎样被读入并付诸实行的，一直以来都是成果转化拜谱生物是一个常期的最求。DNA组可及性基本以DNA为服务中心的弯度做出探索，同时，到迄今结束结束，染料质妇科凝胶中的哪几种血清质与DNA 会发生电磁学完美效用尚不了解。动用零多远光热塑，可遇到DNA完美效用组中的大部分数血清质，XDNAX技術将充当血清质-DNA完美效用探索的变强手段。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、遮盖组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

决定性专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.