上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出具有广泛性的怪物抗逆性，主要包括抗癌症和抵抗疾病毒功用。一般说来，三萜是用甲羟戊酸手段自动合成的，并从天然水草本植物和白色念珠菌中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文献资料了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探讨文献资料。该探讨发现三萜类氧化物虫草酸（GA）是经由液滴培养出的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物体工程转变成引起的。顺利通过转录组和淀粉酶质组学新技术性进步骤探求无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT引起五种野生灵芝粉酸（GA）的新机制，并不同多个学新技术性监测到的差别的遗传基因和差别的淀粉酶，预测DHT 生物体工程制作而成 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和特点的分类

依据对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体使用转录组测序共有67230个转录本和14297个单遗传DNA组。在哪些单遗传DNA组中，49俩被检验为不一致性展示遗传DNA组（DEGs），但在这其中213个展示上涨，279个展示变动（图1A）。GO丰度研究深入分析后，DEGs分成生物制品具体步骤（BP）、上皮细胞系有效成分（CC）和原子核工作（MF）3类。在BP门类中，出显了前两个子门类：抗生素类被分解转换成分泌转化率转化具体步骤，冰醋酸盐分泌转化率转化具体步骤和甲酸盐分泌转化率转化具体步骤;而在CC门类中，上皮细胞系外区、突触软型体、突触格局是前两个亚类。针对于MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）催化活性氧酶、阳极氧化展现酶催化活性氧酶和酸氨（或酰胺）连到酶催化活性氧酶是前两个亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG径路研究深入分析中，前30条丰度度上限的径路含有27条属分泌转化率转化，但在这其中二氧化氮分泌转化率转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌转化率转化、丙酸盐分泌转化率转化走势径路更为明显丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和作用划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄虫草白色念珠菌菌丝体做出血清质组学探讨，共计决定了16,457种特别肽、2606种血清质和2588种定量具体了解血清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求环境下，在2606种血清质中，94种被技术鉴定为性别不同之处抒发血清（DEPs），另外52种调涨，42种下跌（图2A），图2C凸显了性别不同之处抒发血清的聚类算法探讨热图。从GO探讨看到，BP分类凸显，通常数DEPs直接参与冰醋酸盐基础讲解分解消化吸收进程、抗菌素被讲解转换成基础讲解分解消化吸收进程和制剂被讲解转换成基础讲解分解消化吸收进程。CC类DEPs在上皮组织血细胞外区、过空气铁的空气氧化物酶体和微体中覆盖率比较高，空气空气氧化回归酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的配比比较高（图2B）。与转录组但是相同，KEGG径路探讨凸显，成千上万DEPs在基础讲解分解消化吸收中含有，另外3条最含有的行业是光合动物中的碳规定、碳基础讲解分解消化吸收和MAPK统计资料信息径路（图2D）。还有，凭借探讨GO统计资料库的CC对DEPs做出亚上皮组织血细胞品牌定位探讨和标注（图2E），DEPs主耍分布点在上皮组织血细胞质（40.66%）、上皮组织血细胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论研究上是GAs动物炼制的主耍方位。

图2|淀粉酶质组的酶联免疫法介绍和实用功能效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物生成和差表组侯选人DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个差异性展示基因组遗传遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs参与聚类算法解析，发觉mRNA和血清质当中有19个上浮基因组遗传遗传和9个变动基因组遗传遗传，DEGs与他翻译工作的DEPs展示水平面呈正相应的，系统设计Pearson的相应的指数公式解析，在转录组和血清质组当中检验到对较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测结局显视，E组和C组13个DEGs的描述质量不同更为明显，在当中9个为上涨DEGs，5个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的描述前景与转录成分析结局相符。

图3|核核苷酸组的一定量讲解和技能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）